Sequence Similarity Search Tutorial

¿Estás buscando secuencias que son similares a una secuencia que ya has identificado?

¡Estás en el lugar correcto! Este tutorial amplía cómo usar BLAST para identificar homólogos de secuencia.

1. Ubica la herramienta BLAST.
   • Haz clic en el enlace "Búsqueda de similitud de secuencia" en el menú "Herramienta" en la barra lateral.
   • BLAST (herramienta de búsqueda de alineación local básica) es un algoritmo para comparar secuencias.
2. Selecciona el programa BLAST para su comparación.
   • La secuencia que has identificado será tu secuencia "Consulta".
   • ¿La secuencia de tu consulta es una secuencia de nucleótidos o de proteínas?
     • Con una consulta de nucleótidos, se pueden aplicar blastn y blastx.
       • blastn se usa principalmente cuando la consulta es la secuencia obtenida de un protocolo de secuenciación para verificar si se clonó el fragmento correcto de ADNc. En otras palabras, se usa cuando la consulta es una secuencia de nucleótidos que pertenece a una especie que es la misma que la especie de las secuencias de nucleótidos con la que la estamos comparando.
       • blastx se usa cuando la consulta es una secuencia de nucleótidos que pertenece a una especie que es diferente de las especies de las secuencias de proteínas con las que la estamos comparando. Con blastx, la consulta sobre la secuencia de nucleótidos se traduce in silico (por simulación computacional) a las secuencias de aminoácidos en los 6 marcos de lectura y luego se realiza la comparación con las secuencias de proteínas en la base de datos.
     • Con una consulta de proteínas, se puede aplicar tblastn o blastp.
       • tblastn se usa cuando la consulta es una secuencia de proteína y la estamos comparando con una base de datos de nucleótidos. En este caso, toda la base de datos de nucleótidos se traduce in silico a una colección de secuencias de aminoácidos y luego se realiza la comparación.
       • blastp se usa cuando la consulta es una secuencia de proteína y la estamos comparando con una base de datos de proteínas.
   • ¡Recomendaciones!
     • Al comparar secuencias de diferentes organismos para una consulta de nucleótidos, elige blastx sobre blastn.
       • Las secuencias de aminoácidos están más conservadas que las secuencias de nucleótidos, por lo tanto, es mejor usar blastx para comparar secuencias de diferentes especies.
     • Los resultados obtenidos de tblastn y blastp pueden ser muy diferentes si las bases de datos de nucleótidos y proteínas se obtienen respectivamente a partir de transcriptomas y de proteomas.
       • En el caso específico de este sitio web, los resultados de tblastn y blastp deberían ser comparables porque la base de datos de proteínas se construyó in silico utilizando conjuntos de datos de transcriptomas
3. Envía tu consulta.
   • Después de seleccionar el programa BLAST adecuado, la secuencia de consulta debe pegarse o cargarse en el cuadro de texto "Introducir secuencia(s) FASTA".
   • En la segunda parte de la página "Seleccionar clase de búsqueda", selecciona una base de datos en la que desees buscar secuencias similares a tu consulta. Las opciones disponibles incluyen un conjunto de datos por separado de cada especie de planaria o un gran conjunto de datos que combina los cuatro transcriptomas de planarias.
   • Para los usuarios más expertos existe el área de "Opciones avanzadas" que permite la modificación de los parámetros de búsqueda y salida.
4. Haz clic en BLAST y espera la página de resultados
   • El resultado es una lista de secuencias similar a la consulta. La lista completa se puede descargar haciendo clic en el enlace en la esquina superior izquierda. El formato "Tab-Delimited" es útil para abrir en una hoja de cálculo.
   • Para cada resultado, la secuencia que se encuentra similar a tu consulta se muestra con su nombre (Nombre del acierto) junto con las especificaciones de alineación y la consulta y las secuencias de coincidencias alineadas entre sí, mostrando los aminoácidos idénticos (letras) y similares (+) .
   • El "Nombre del acierto" es un enlace a la página del gen de esa secuencia específica.
   • Por favor, consulta el tutorial "Buscar genes" para obtener más detalles sobre esta página web