Search Genes Tutorial

¿Estás buscando una secuencia de nucleótidos en una de nuestras cuatro especies de planarias que sea similar a la de un gen humano, de mosca o de S. mediterranea? ¿Quieres buscar los genes de las cuatro especies de planarias por nombre?

¡Estás en el lugar correcto! Este tutorial te explicará cómo usar nuestra página "Buscar Genes".

1. Ubica la herramienta "Buscar genes".
   • Haz clic en la herramienta “Buscar genes" en la barra lateral.
2. ¿Deseas buscar las cuatro especies de planarias o te gustaría limitar tu búsqueda a una sola?
   • En la opción "Especies", selecciona la única especie que te interesa buscar.
   • Selecciona "Cualquiera" si deseas buscar las cuatro especies de planarias.
3. ¿Conoces el nombre o el identificador único de la secuencia que estás buscando?
   • En la opción "Buscar por nombre" escribe el identificador único.
   • Si buscas secuencias múltiples, puedes cargar un archivo (texto sin formato, word o excel) donde el nombre de la secuencia se proporciona uno por línea.
   • También puedes buscar genes según sus nombres, por ejemplo, 'piwi'.
4. ¿Conoces el nombre o función de un gen del ser humano (Homo sapiens), de la mosca (Drosophilia melanogaster) o de la planaria (Schmidtea mediterranea) y quieres encontrar un gen similar en una de las cuatro especies de planarias?
   • En la opción "Buscar por Función Putativa", escribe el nombre del gen o la función en el cuadro de texto "Descripción de BLAST".
5. Cualquiera o todas las opciones anteriores se pueden usar para identificar genes en las cuatro especies de planarias.
6. Haz clic en Enviar.
7. La información resumida sobre tus resultados se mostrará en una tabla. Se visualizan las siguientes columnas:
   1. El número del resultado.
   2. El nombre del gen, que también es un enlace a la página del gen.
   3. El organismo al que pertenece el gen (el nombre de la especie será el mismo en cada fila si lo especificaste en la opción "Especie").
   4. La longitud de la secuencia de nucleótidos.
   5. El nombre de las secuencias homólogas encontradas en la planaria, S. mediterranea.
   6. La descripción de la secuencia homóloga encontrada en el ser humano, H. sapiens.
   7. La descripción de la secuencia homóloga en la mosca de la fruta, D. melanogaster.
   8. La descripción de la secuencia homóloga ingresada en Uniprot (http://www.uniprot.org, Universal Protein Resource –Repositorio Universal de Datos sobre Proteínas-).
   9. El valor E de Uniprot. El valor esperado -Expect (E)- describe cuán probable es que una secuencia sea homóloga a otra. Este parámetro describe el número de resultados que uno esperaría "expect" ver por causalidad cuando busca en una base de datos de un tamaño particular. Disminuye exponencialmente a medida que aumenta la puntuación -Score (S)-  de las coincidencias. Cuanto menor es el valor, más probable es que las secuencias sean similares.
8. Los resultados en la tabla pueden ser ordenados.
   • Los resultados en la tabla se pueden ordenar en las bases de cada columna haciendo clic en el encabezado específico. Por ejemplo, las secuencias se pueden clasificar por organismos, longitud, valor E de similitud, etc.
9. Descarga tus resultados.
   • En la parte superior derecha de la tabla hay un enlace para descargar la tabla en formato CSV que se puede cargar en una hoja de cálculo.
   • Otro enlace está presente para descargar las secuencias resultantes en formato FASTA. Este archivo se puede abrir con cualquier programa de procesamiento de texto, pero los editores simples funcionan mejor, por ejemplo, "TextEdit", "NotePad", o "TextPad".
10. Más información sobre cada gen resultante está disponible.
    • Al hacer clic en el nombre de cualquier resultado aparecerá la página de un gen. Esta página sobre el gen tiene varias pestañas: "Descripción general", "Análisis", "Homología", y "Secuencias" son algunas.
      • La pestaña \"Resumen\" tiene un resumen de la secuencia que muestra el nombre de la secuencia, el tipo de secuencia, el organismo del cual se obtuvo la secuencia y la longitud de la secuencia.
      • En la pestaña "Análisis" hay una lista de análisis realizados para obtener los datos asociados con esta secuencia.
      • La pestaña "Homología" contiene los mejores resultados de una serie de análisis BLAST de esta secuencia contra una base de datos de secuencias de la mosca de la fruta (D. melanogaster), del ser humano (H. sapiens), de la planaria (S. Mediterránea) y de  Uniprot/Swissprot (base de datos biológica de secuencias de proteínas). Para los resultados de cada BLAST hay una tabla que contiene el nombre de la secuencia de aciertos que es un enlace a la información sobre esa secuencia en su base de datos de referencia, el valor-E del acierto, el porcentaje de identidad y la descripción de la secuencia. La parte inferior "más" a la derecha muestra la alineación de las dos secuencias.
      • La pestaña "Secuencia" tiene el ARNm, la codificación (CDS) y las secuencias de proteínas.
        • Debajo de la secuencia del ARNm hay un enlace, "Diseño de Cebador para..." que te dirigirá al sitio de diseño del cebador.